靖难之役
靖难之役，又称靖难之变、奉天靖难，是明朝开国皇帝朱元璋死后不久爆发的一场政变。
明太祖朱元璋把儿孙分封到各地做藩王，藩王势力日益膨胀。因太子朱标早死，皇太孙朱允炆继位，年号建文，是为建文帝。 建文帝与亲信大臣齐泰、黄子澄等采取一系列削藩措施，决定先削那些力量较小的藩王，于是首先袭执周王朱橚 ，把他废为庶人，又拘代王朱桂于大同，囚齐王朱榑于京师，湘王朱柏自焚死。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。
建文帝以为准备妥当了，便秘密下令擒拿朱棣，但是没有成功，再加上削藩措施严重威胁藩王利益，坐镇北平的朱棣于1399年（建文元年）起兵反抗，随后挥师南下，史称“靖难之役”。
建文帝无大将可用，只好起用幸存的老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断被歼。 朱棣以北平（今北京）为基地，适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭官军主力，最后乘胜进军，于1402年（建文四年）攻下帝都应天（今江苏南京） 。战争历时四年（1399—1402年）。 战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。 同年，朱棣即位，就是明太宗，嘉靖时期改为明成祖。
第二年，改元永乐，改北平为北京。1421年，迁都北京，称北京为京师，南京为留都。
口号
靖难之役中朱棣的口号是“清君侧，靖国难”。“靖难”的意思：“靖”指平息，扫平，清除。“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。
太祖朱元璋成法中有一条是关于“靖难”的。为了保证朝廷的正常，如果出现奸臣乱政的情况，藩王可以带兵入京勤王，以“清君侧，靖国难”。朱棣抓住了这点，发动了“靖难之役”。不过太祖的成法里面还有一条就是皇帝先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京。所以这不过是朱棣想要夺取皇位的一个借口而已。
背景
太祖封藩
洪武三年（1370）四月，通过农民起义登上皇位的朱元璋，为了确保朱明王朝能够千秋万代地统治下去，一方面加强君主专制统治，把军政大权牢牢地掌握在皇帝一人手中，另一方面，想方设法加强皇室本身的力量，其具体的办法就是分封诸王。他把宗室二十五人（24个儿子和1个从孙）封为藩王，分驻北部边境和全国各战略要地，想通过他们来屏藩皇室。朱元璋是这样说的：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。”从全国来看，这些封藩主要有两类，一是腹里，二是边塞要地。受封诸王在自己的封地建立王府，设置官属，地位相当高，公侯大臣进见亲王都得伏而拜谒，无敢钧礼。
每一个藩王食粮万石，并有军事指挥权，于王府设亲王护卫指挥使司，辖军三护卫，护卫甲士少者3000人，多者1.9万人。九位边王（辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃）因有防御蒙古贵族侵扰的重任，所以护卫甲士尤多。北平的第四子燕王朱棣拥兵10万，大宁的第十七子宁王朱权“带甲八万，革车六千”。他们在边塞负责筑城屯田、训练将兵、巡视要害、督造军器。晋王、燕王多次出塞征战，打败蒙元残余势力的军队，尤被重视，军中大将皆受其节制，甚至特诏二王军中小事自断，大事才向朝廷报告。尤其是燕王，由于功绩卓著，朱元璋令其“节制沿边士马”，地位独尊。
藩王势力的膨胀，势必对中央政权构成威胁。在朱元璋大封诸王的时候，有个叫叶伯巨的大臣指出，藩王势力过重，数代之后尾大不掉，到那时再削夺诸藩，恐怕会酿成汉代“七国之乱”、西晋“八王之乱”的悲剧，提醒朱元璋“节其都邑之制，减其卫兵，限其疆土”。朱元璋不但听不进劝告，反而将其下狱囚死。
在分封之中，他曾规定凡受封诸王必须离开京城，到封地就藩。不允许各亲王之间相互往来，即使入朝，也不能同时前来，必须一王离京，另一王才可启程。朱元璋此举的目的在于避免诸王相互串联，与中央相对抗。所以，诸王就藩，可以说是“生离死别”。但朱元璋的用心良苦，却未能收到预期的后果。
建文帝削藩
洪武二十五年（1392年）太子朱标病死，立朱标次子朱允炆为皇太孙。朱允炆因生性“颖慧好学，性至孝”，而深得朱元璋的喜爱，称赞他：“而诚纯孝，顾不忘我乎。”不过，对于这位“仁柔少断”的皇太孙将来继任帝位，朱元璋并不十分满意，曾一度打算更换太子，后因翰林学士刘三吾的劝谏，才没有这样做。
尽管如此，朱元璋对朱允炆的继位仍放心不下。洪武三十一年（1398）闰五月，朱元璋病故，庙号太祖，皇太孙朱允炆即位为帝。临终前，朱元璋立下遗诏，“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民”、“诸王临国中，毋至京师”。
朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王“入临、会葬”，但燕王朱棣仍直奔京城建康（今江苏南京），朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京（今北京），对此朱棣十分不悦。
其时，镇守北部边疆的诸王已有很大的权势，宁王朱权“带甲八万，革车六千”。燕王朱棣更握有“节制沿边士马”的重权。朱允炆对这些皇叔们忧心忡忡。建文元年（1399）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣长史葛诚入朝奏事。朱允炆遂向葛诚密问燕王府之事，葛诚如实禀告，乃派他返回燕王府，作为内应。葛诚回到燕王府，朱棣见他神色不对，心中不免作疑。随即朱棣亲自入朝，他自恃皇叔身份，径直走皇道入宫，登陛不拜。监察御史曾凤韶弹劾其不敬，户部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智虑绝人”，建议将他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至亲”，婉言拒绝。朱棣察觉到朝廷对自己怀有贰心，回燕王府后，便托辞患病，以观事态的变化。
于是建文帝与兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄商量，齐泰、黄子澄以诸王权势过大，恐难驾驭为由，力主削藩。
在削藩顺序上，齐泰认为应先削实力最强的燕王，但黄子澄反对，认为燕王有功无过，为了争取舆论支持，应该先找有问题的亲王下手。惠帝支持黄子澄，遂先后废除五位亲王。
洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化（今昆明以西、大理以南）。
建文元年（1399年）四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王不堪受辱，为保名节举家自焚；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。 两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州。
由于朝廷削藩激化矛盾，藩王与朝廷开始决裂，此时实力最强的燕王就成了真正的众藩之首。而朱允炆与朱棣之间的博弈亦逐渐激化 。
参加者
按照朱元璋设计的制度，由皇帝、藩王、外戚、驸马组成的家天下体制，应该能够在权力、礼法和亲情的共同作用下稳固地支持大明王朝的江山。然而，文弱的侄皇帝与身边的书生们未能掌握制约桀骜不驯的叔王的办法，朱元璋最初设计的制度终于酿成大祸。在这场战争中，皇亲国戚们纷纷参战，投向不同的两个阵营。
参与靖难之役的皇亲国戚姓名
身份
靖难时
靖难后
惠帝
朱允炆
朱元璋之孙
大明皇帝
一说自焚，一说失踪
成祖（燕王）
朱棣
朱元璋第四子
燕王
夺位称帝。
周王
朱橚
朱元璋第五子
削爵，免为庶人，流放云南，后被禁锢京城
复爵，归藩
齐王
朱榑
朱元璋第七子
削爵，免为庶人，圈禁京师
复爵，归藩
代王
朱桂
朱元璋第十三子
削爵，免为庶人
复爵，归藩
宁王
朱权
朱元璋第十七子
加入朱棣阵营，随其靖难
移封南昌
岷王
朱楩
朱元璋第十八子
削爵，免为庶人
复爵，归藩
谷王
朱橞
朱元璋第十九子
朱允炆阵营，献南京城降朱棣
移封长沙
燕王世子
朱棣长子
朱棣阵营，留守北平
立为皇太子
高阳郡王
朱高煦
朱棣次子
朱棣阵营
加封汉王
郡王
朱高燧
朱棣第三子
朱棣阵营
加封赵王
驸马都尉
梅殷
朱元璋女婿
朱允炆阵营，任淮安总兵，战败被俘
被朱棣授意谋害
驸马都尉
王宁
朱元璋女婿
向朱棣泄密，被朱允炆囚禁
释放，加封永春侯
驸马都尉
李坚
朱元璋女婿
朱允炆阵营，任左副将军，加滦城侯，被俘
病死
驸马都尉
胡观
朱元璋女婿
朱允炆阵营，战败被俘
释放
庆城郡主
朱元璋侄女
济南中代表朱允炆阵营到朱棣阵营议和
长兴侯
耿炳文
朱允炆亲家
朱允炆阵营，讨伐朱棣，兵败
被弹劾，上吊自杀
驸马都尉
耿璇
朱允炆姐夫
朱允炆阵营
称疾不出，坐罪死
燕府仪宾
袁容
朱棣女婿
朱棣阵营
加封驸马都尉、广平侯
燕府仪宾
李让
朱棣女婿
朱棣阵营
加封驸马都尉、富阳侯
魏国公
徐辉祖
朱棣妻舅
朱允炆阵营
削爵，幽禁
大都督
徐增寿
朱棣妻舅
秘密参与朱棣阵营，被朱允炆斩杀
追封武阳侯，谥忠愍，进定国公
曹国公
李景隆
朱允炆表兄
兵败撤职，后献城投降
最初得到礼遇，后被撤职囚禁
经过
燕王起兵
洪武三十一年十二月，为了提防燕王造反，朱允炆派工部侍郎张昺为北平布政使，都指挥使谢贵、张信为北平都指挥使。随后又命都督宋忠屯兵驻开平，并调走北平原属燕王管辖的军队。
燕王朱棣见到几位藩王先后被削，明白如此下去必无法逃过此劫，遂一边争取时间一边做战争准备。为了争取时间，建文元年，朱棣先装病，使惠帝放三子回北平；之后由于属下被朝廷处死，遂装疯。但由于王府长史葛诚叛变，密奏朝廷“燕王装病”。朱棣装疯被发觉 。而心中早已对父皇册立自己的侄子为太孙而继位有所不满，便立即诱杀了前来执行监视逮捕任务的将臣，于建文元年（1399年）七月起兵反抗明朝中央政府。
燕王遣使入京师金陵奏事，使者被齐泰等审讯，被迫供出燕王的异状，于是朝廷下密旨，令张昺、谢贵逮捕燕王府的官属，张信逮捕燕王本人。但张信与其母亲讨论之后，将此事告知朱棣 。于是朱棣和姚广孝等进行举兵的谋划，令张玉、朱能将八百勇士带入府中潜伏，以待变故。
张昺、谢贵得到朱允炆密诏后，七月初四带兵包围了燕王府。朱棣假意将官属全部捆缚，请二人进府查验。二人进府后，朱棣派出府内死士将其擒获，并连同府内叛变的葛诚、卢振一同处决 。当日夜里，朱棣攻下北平九门，遂控制北平城 。
朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》 中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”朱棣以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意。因此，历史上称这场朱明皇室内部的争夺战争为“靖难之役” 。
燕军控制北平后，七月初六，通州主动归附；七月初八，攻破蓟州，遵化、密云归附；七月十一，攻破居庸关；七月十六，攻破怀来，擒杀宋忠等；七月十八，永平府（今河北卢龙县，属秦皇岛市）归附。七月二十七，为防止大宁军队从松亭关偷袭北平，用反间计使松亭关内讧，守将卜万下狱。至此，北平周围全部扫清。燕军兵力增至数万 。
燕军攻破怀来后，由于领地相距太近，七月二十四日，谷王朱橞逃离封地宣府（今属张家口，距北京约150公里，距怀来约60公里），奔金陵 。八月，齐泰等顾虑辽王、宁王帮助燕王，建议召还京师；辽王从海路返京，而宁王不从，遂削宁王护卫 。
宋忠失败后，部将陈质退守大同。代王本欲起兵呼应朱棣，被陈质所控制，未果 。
击败耿炳文、李景隆
朱棣初起兵时，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各方面都占压倒性优势。所以战争初期，朝廷拟以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。朱棣采取内线作战，以部将郭资戍守北平（今北京），迅速即攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。经过朱元璋大肆杀戮功臣宿将之后，朝廷也无将可用，朱允炆只好起用年近古稀的幸存老将长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚为左副将军，都督宁忠为右副将军，率军13万伐燕，数路并进，号称百万大军，同时传檄山东、河南、山西三省供给军饷。
建文元年八月（真定之战），师至河北滹沱河地区。燕王在中秋夜乘南军饮酒作乐之机，突破雄县，尽克南军的先头部队。继而又于滹沱河北岸大败南军的主力部队。耿炳文逃入真定城中，闭门固守。“靖难”军攻城三日不克，还师北平。建文帝听到耿炳文军败，根据黄子澄的推荐，任曹国公李文忠之子李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战 。又令辽东江阴侯吴高等领兵围攻永平（今河北昌黎西北）。朱棣留下少量兵将坚守北平，自己亲统大军救援永平。
李景隆本是纨绔子弟，素不知兵，“寡谋而骄，色厉而馁”。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的溃散兵将，并调各路军马，共计50万，进抵河涧驻扎。 当朱棣侦知李景隆军中的部署后，笑着说，兵法有五败，李氏全犯了，其兵必败无疑，这就是政令不修，上下离心；兵将不适北平霜雪气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，但智信不足，仁勇俱无；所部尽是乌合之众，且不团结。 为了引
诱南军深入，朱棣决计姚广孝协助世子朱高炽留守北平，自己亲率大军去援救被辽东军进攻的永平，并告诫朱高炽说：“李景隆来，只宜坚守，不能出战。”朱棣还撤去了卢沟桥的守兵。
朱棣这一招果然灵验，李景隆听说朱棣率军赴援永平，就率师于十月直趋北平城下。经过卢沟桥时见无守兵，禁不住欢喜，说：“不守此桥，我看朱棣是无能为力了。”这时朱高炽在北平城内严密部署，拼死守卫。李景隆则号令不严，指挥失当，几次攻城，皆被击退。南军都督瞿能曾率千余精骑，杀入张掖门，但后援不至，只好停止进攻。又因李景隆贪功，要瞿能等待大部队一起进攻，错过了时机。燕军则因此得到喘息，连夜往城 墙上泼水，天冷结冰，待到次日，南军也无法攀城进攻了。吴高怯懦，不敢应战，退保山海关。朱棣解救永平之后，率师直趋大宁（今内蒙古宁城西） 。
联宁王、战山东
大宁为宁王朱权的封藩，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣攻破大宁后，挟持宁王回北平，合并了宁王的部属及朵颜三卫的军队。朱棣带着这些精兵强将于十一月回师至北平郊外，进逼李景隆军营。燕军内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵听说主帅已逃，“乃弃兵粮，晨夜南奔”。
建文帝为大臣所蒙蔽，反而奖励打了败仗的李景隆。建文二年（1400年）四月，李景隆会同郭英、吴杰等集合兵将60万众，号称百万，进抵白沟河（今河北雄县北）。朱棣命令张玉、朱能、陈亨、丘福等率军十余万迎战于白沟河。战斗打得十分激烈，燕军一度受挫。但南军政令不一，不能乘机扩大战果。燕军利用有利时机，力挫南军主将，南军兵败如山倒。李景隆再次退走德州。燕军跟踪追至德州。五月，李景隆又从德州逃到济南。朱棣率燕军尾追不舍，于济南打败李景隆率领的立足未稳的十余万众。济南在都督盛庸和山东布政使铁铉的死守下得以保住。朱棣围攻济南三月未下，恐粮道被断，遂回撤北平，盛庸收复德州。
李景隆在几个月的时间内一败再败，建文帝撤免了他的大将军职务，建文帝采黄子澄之谋，遣使议和以求缓攻，又任命盛庸为平燕将军，代李景隆统兵代之以盛庸。盛庸屯兵德州，以遏燕军南下。建文二年九月，盛庸率兵北伐，十月，至沧州，为燕军所败。十二月，燕军进至山东临清、馆陶、大名、汶上、济宁一带。盛庸率南军于东昌（今山东聊城），严阵以待 。
燕军屡胜轻敌，被南军大败，朱棣亲信将领张玉死于战阵，朱棣自己也被包围，借朱能援军的接应才得以突围。东昌战役是双方交战以来，南军取得的第一次大胜利。兵败后，朱棣总结说：东昌之役，接战即退，前功尽弃，今后不能轻敌，不能退却，要奋不顾身，不惧生死，打败敌手。
建文三年（1401年）二月，朱棣率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地打败南军。接着，又攻下了顺德、广平、大名等地。战争已经进行了两年的时间，南北交战主要在河北、山东。燕军虽屡战屡胜，但南军兵多势盛，攻不胜攻，燕军所克城邑旋得旋失，不能巩固。能始终据守者，不过北平、保定、永平三府而已 。
直取应天、朱棣夺位
正在朱棣为此而苦恼之际，应天宫廷里不满建文帝的太监送来了应天府空虚宜直取的情报。朱棣手下谋士也劝朱棣勿攻城邑，越过山东，以迅速行动直趋京城，京城势弱无备，必可成功。于是朱棣决定跃过山东，直捣应天。朱棣据此决定举兵南下，直指京城。
建文四年（1402年）正月，燕军进入山东，绕过守卫严密的济南，破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州，向南直进。而燕军已过徐州，山东之军才南下追截。四月，燕军进抵宿州，与跟踪袭击的南军大战于齐眉山（今安徽灵璧县境），燕军大败。双方相持于淝河。在这次决战的关键时刻，建文帝受一些臣僚建议的影响，把徐辉祖所率领的军队调回南京，削弱了前线的军事力量，南军粮运又为燕军所阻截，燕军抓住时机，大败南军于灵璧，仅俘获南军将领几百人。自此，燕军士气大振，南军益弱。朱棣率军突破淮河防线，渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等要地，准备强渡长江。这时，朱棣之子朱高煦引番骑赶到，燕军军势大振 。
建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，朱棣率军直趋金陵。十三日进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王为朱棣开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。
“靖难之役”历时四年，前期作战南军连连败藉。但自济南保卫战后，南军主力屯驻德州，相机出击，以遏燕军。德州处在运河线上，南北交通便利，燕军自河北南下，始终处在德州的监控之下。燕军南攻时，南军或自德州横出断其归路，或袭扰其补给线，或乘虚北攻。所以，虽以朱棣之善用兵，南军再未出现过战争初期的那种大的挫败，燕军势力基本上被阻在山东以北。朱棣未克山东，故虽屡战屡胜，激战两年半，却始终未能打开局面。等到他越过山东，直趋金陵，半年时间便夺取了政权 。
不过，朱棣撇下山东，径直南下，实属铤而走险。南北朝时，刘宋皇帝刘义隆进攻北朝的魏国，而北魏以它的国力和北魏太武帝拓跋焘之雄才大略，在击破刘宋黄河一线之军后，开始兵分五路，大举向南反击，长驱江淮，兵临瓜步，饮马长江，当时北魏太武帝达到了震慑南朝的目的，而未敢渡江以争江南。反观，朱棣的这种战术也只能在那时特殊的形势下才有可能成功。自明初朱元璋杀功臣后，明廷已无堪与朱棣相匹敌的将才，所以朱棣南下才有恃无恐。其次，“靖难之役”在那个时代的观念中，纯属一家一姓内部之争，所以建文帝虽一再下诏“勤王”，但真正勤王者少，而归顺燕军者多。不然，朱棣孤军南下，建文帝只需坚守金陵，坐待四方勤王之师会合，山东方面则截断燕军的补给线和退路，那样的话，朱棣处境势必极其危险。因此，换上另一人，换上另一种背景，则断不敢冒险采取这种战术，置山东于不顾。
战争虽结束，与此相关的历史却在发展。燕王进京后
，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下，传说他于正统朝入居宫中，寿年而终；又有一说建文帝逃至东南亚，郑和下西洋的其中一个目的就是寻找建文帝。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。
当上皇帝的朱棣，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策及不肯迎附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等被整族整族地杀掉： “命赤其族，籍其乡，转相扳染，谓之瓜蔓抄，村里为墟。”有“读书种子”之谓的方孝孺，因不肯为朱棣撰写即位诏书，九族全诛，这还没完，又将其朋友门生作为一族全部杀掉，十族共诛873人。这次清洗极为残酷，共有数万人惨死于朱棣的屠刀之下。
四年的“靖难之役”，给明初刚刚有所恢复的社会经济以较大的破坏，而直接遭到战争践踏的地区，破坏可为严重，上称“淮以北鞠为茂草”，当为真言 。
后续
朱棣称帝
燕军进南京，朱允炆见事不可为，遂在皇宫放火。马皇后死于大火，朱允炆本人不知所终；此后其下落成为谜团。
朱棣入城，派人找出马皇后的尸体，指认其为朱允炆，并执其手哭“傻小子，何苦如此”，随后六月廿日以天子礼葬之，造成建文帝已死的假象。而建文的下落成为了千古迷题。据传，郑和下西洋的初衷之一便是搜寻建文帝的踪迹 而另一路是胡濙密访江浙一带。
南京陷落后，朱棣入城。翰林院编修杨荣迎于马首，说：“殿下先谒陵乎？先即位乎？”点醒朱棣。次日（建文四年六月十四）起，诸王及文武群臣多次上表劝进，朱棣不允。数日后（六月十七），朱棣谒孝陵，并于当日即太祖皇帝位，是为明太宗（后改为成祖）。重建奉天殿（旧殿被朱允炆所焚），刻玉玺。同年十一月十三日，封王妃徐氏为皇后。
朱棣不承认建文年号，七月初一（一说六月十八），将建文元、二、三、四年改为洪武三十二至三十五年，次年改为永乐元年。凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务（如靖难初期因离间被贬的江阴侯吴高被再次起用，守大同）；建文年间的各项改革一律取消；建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除。但一些有利于民生的规定也被废除，如建文二年下令减轻洪武年间浙西一带的极重的田赋，至此又变重 。
奖赏与惩罚
成祖在靖难之役获胜后，向京城（今南京）军民发布公告：固守封地的藩王因左班奸臣挑唆导致骨肉被其残害，所以不得不起兵诛杀他们，以此来扶持江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣，有罪者人不敢赦免，无罪者不敢诛杀，如若误伤受到牵连又祸及到伤亡，绝非靖难本意。
建文四年六月廿五，朱棣诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族。其中方孝孺
受牵连而死者共873人，充军等罪者千余人。因黄子澄受牵连的有345人。景清降后密谋行刺，事败，八月十二被杀，灭九族；后屠其家乡，谓“瓜蔓抄”。此外，众多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，史称：“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气。”他们的家属和亲人也被牵连，死者甚众，流放、被逼作妓女及被其它方式惩罚的人也不少。直至明仁宗即位后，大部份人始获赦免，余下的人的后代却迟至明神宗时始获赦免 。
在大肆诛杀之外，当月，朱棣将魏国公徐辉祖下狱，后释放并削其爵位。辉祖死后，其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所嫉恨，其状元的身份被革去。有误传说黄观是另外一个明朝连中三元的人，但黄观并不是连中三元的人《太学志》、《弇山堂别集》、《明史》、《罪惟录》、安徽地方志上面都写了黄观是殿试会试第一，没说乡试也第一。查继佐的《罪惟录》里关于黄观的部分明确写着：“贡洪武甲子，入太学，是岁领乡荐第二”，白纸黑字写着黄观是乡试第二名！
盛庸、平安（灵壁之战降）、何福、梅殷等先后投降。
靖难之役，文武众臣出力甚多，朱棣称帝后先后进行了封赏。
京城陷落后，六月十九，追封徐增寿为武阳侯，谥忠湣，后进为定国公，世袭。
靖难将士各有封赏。九月初四，论功行赏，大封众将。各赐冠服，给诰券 。
诛杀异己
黄子澄，凌迟，灭三族；
齐泰，凌迟，灭三族；
练子宁，凌迟，灭族；
卓敬，凌迟，灭族；
陈迪，凌迟，杀子；
铁铉，割其鼻耳塞入口中，然后问：“甘否？”铁弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌迟，灭族。
方孝孺，凌迟，灭族（注：此事出于野史，未见于正史。野史称方孝孺大书“燕贼篡位”，朱棣见他宁死不屈，威胁他说：“你不怕被诛九族吗？”方孝孺义正严辞地斥责说：“即使诛我十族又怎样？”朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一杀害，被杀者共达八百七十三人，而方孝孺则被腰斩于南京聚宝门外） 。
另外，黄子澄之妹，铁弦之妻， 发送教坊司（古代教坊司并不是妓院，而是官方管理乐籍人员的机构，“妓”与“伎”是不同的），在古代由士一族贬为乐籍，是一件很羞辱的事，伎者，在古代相当于现代的明星，从事文艺演出的，古代的诗词歌曲大多是由乐籍人员传递下来的 。
大封功臣
封公（2人，追封2人；省略除封爵外的其他封赏，下同）：
丘福：淇国公，子孙世世承袭（以下简称世袭）；
朱能：成国公，世袭；
张玉：追封荣国公，谥忠显；
陈亨：追封泾国公，谥襄敏。
封侯（13人，追封1人）：
张武：成阳侯，世袭；
陈圭：泰宁侯，世袭；
郑亨：武安侯，世袭；
孟善：保定侯，世袭；
火真：同安侯，世袭；
顾成：镇远侯，世袭；
王忠：靖安侯，世袭；
王聪：武城侯，世袭；
徐忠：永康侯，世袭；
张信：隆平侯，子孙世袭隆平伯；
李远：安平侯，子孙世袭安平伯；
郭亮：成安侯，子孙世袭成安伯；
房宽：思恩侯，子孙世袭指挥使；
谭渊：追封崇安侯，谥壮节。
封伯（12人）：
梁辰（星若）：真定伯，子孙世袭金吾、燕山卫千户；
徐祥：兴安伯，世袭；
徐理：武康伯，世袭；
李浚：襄城伯，世袭；
张辅：信安伯，世袭；
唐云：新昌伯，子孙世袭指挥使；
谭忠（谭渊子）：新宁伯，世袭；
孙岩：应城伯，世袭；
房胜：富昌伯，子孙世袭指挥使；
赵彝：忻城伯，世袭；
陈旭：云阳伯，世袭；
刘才：广恩伯，子孙世袭指挥同知。
归附并出力的建文旧臣封爵：
李景隆：仍为曹国公，增禄，世袭；
王宁：永春侯，世袭；
茹瑺：忠诚伯，以终本身；
王佐：顺昌伯，子孙世袭指挥使；
陈瑄：平江伯，子孙世袭指挥使。
迁都北京
由于洪武年间，北方的防务多由几位边王（如朱棣、朱权）负责，而靖难后朱棣徙诸边王于内地，导致华北防务空虚；又由于有唐朝之守外虚内、宋朝之守内虚外的教训，故在军事上，定都金陵（南京）、遥控将领守卫边界的风险很大；“天子守国门”则可以解决这一问题。另一方面，由于南京的建文帝影响较大，在政治上考虑，作为朱棣大本营的北平更加适合作为帝都。故考虑各种因素后，朱棣决定迁都北京。
永乐元年（1403年）二月，朱棣改北平为北京，名顺天府 （与元朝大都区别）；随后迁徙各地富民于北京 。称北京为行在。永乐年间，迁都北京的准备一直在进行，如建北京城、建宫殿、疏通漕运等；直到永乐十八年（1420年），北京皇宫（即紫禁城，故宫）和北京城建成，遂下令迁都，以南京作为留都 。
影响
宗室待遇变化
朱棣称帝后，六月十八，恢复了周王朱橚、齐王朱榑的爵位 。随后恢复代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永乐元年正月，令周、齐、代、岷四王归藩 。
六月廿六，朱棣取消朱标的明兴宗庙号，重新称懿文太子 ；七月十二，将朱允炆的三个弟弟由亲王降为郡王；十一月将朱允熥、朱允熞废为庶人，朱允熙不久暴卒 。
朱棣因为反对惠帝削藩而起兵，为了争取诸王拥戴，即位后立即恢复了被削的藩王，并加以赏赐，甚至改变祖制给予宗室更高的品级。如按照洪武年间规定，镇国将军（郡王之子）为三品，辅国将军四品，奉国将军五品，镇国中尉六品，辅国中尉七品，奉国中尉八品。而成祖“遂加镇国将军从一品，辅国将军从二品，奉国将军从三品，镇国中尉从四品，辅国中尉从五品，奉国中尉从六品” 。
然而由于朱棣自己是武装夺权的，为了保证中央政权稳固，他即位后先将诸边塞王改封于内地，然后逐渐解除诸王的兵权：永乐元年削代王护卫及官属；永乐四年削齐王护卫及官属，不久废为庶人；永乐六年削岷王护卫及官属；永乐十年削辽王护卫；永乐十五年废谷王为庶人；永乐十九年周王见势不妙，主动献还护卫。洪武朝带兵的十三位亲王，永乐朝削去了六个护卫。与此同时，大封靖难功臣，将大批有经验的武臣保留下来，加强中央政权，从根本上改变了中央和诸藩的军事力量对比 。
虽然朱棣实现了朱允炆当年的目的，但只解决了眼前的问题，并没有改变祖制；其子汉王朱高煦和赵王朱高燧仍然设立了三护卫。宣德元年，朱高煦叛乱，再次证明亲王典兵不是办法。亲征平定叛乱后，明宣宗利用其威望，迫使绝大部份藩王交出了护卫，并从各个方面对宗室加以控制。此后，宗室与中央的矛盾逐渐由军事上对政权的威胁转变为大量增加的俸禄对中央财政的压力 。
割让大宁
朱棣在靖难初始时曾将大宁的全部军力（包括朵颜三卫）纳入麾下，朵颜三卫在后续作战中起到了重要作用；故朱棣称帝后，将宁王封于南昌，永乐元年三月把大宁封赏给朵颜三卫作酬劳 。
大宁位于辽蒙冀三省交界处，辽东-蓟州-宣府弓形的中心，军事地位相当重要；洪武十三年（1380年）收复，并建立卫所，至此废除 。大宁可以作为辽东、蓟州、宣府等地的防卫前哨，并影响其防卫效果；失去大宁，从关内到辽东就只能走山海关过锦州。此后（尤其是土木之变后），蓟辽的战事不断。割大宁之事，多为后人所诟病 。
设特务统治、重用宦官
为了更有效率地处理国务，洪武三十五年（1402年）八月初一，朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁，预机务。随后扩充内阁至七人。从此内阁开始在明朝政治中发挥越来越重要的作用 ，甚至清朝仍沿用此制度。
另一方面，由于朱棣是造反称帝的，对大臣有所猜忌，故恢复了洪武年间废除的锦衣卫，重新开始实施明朝的特务统治。随后，永乐十八年，朱棣又设立了东厂，令亲信太监掌权，加强特务统治的同时提高了宦官的地位。有明一代，特务统治几乎贯穿始终，成为一大特点。
由于靖难之役时，京中宦官提供的情报帮助成祖击败惠帝，成祖即位后便改变太祖以来禁止宦官干政的政策，开始重用宦官。一方面，明朝出现了郑和等著名的优秀宦官，下西洋宣扬国威；另一方面，由于司礼监、东厂等宦官掌权的部门地位提高，且地方镇守、监督采办等重要工作皆由宦官担任（不全为朱棣设置），埋下了日后宦官祸国的种子。
对地方经济的破坏
靖难之役涉及整个华北和华东地区，反复的拉锯战使得淮河以北的社会经济遭到极大的破坏 。朱棣登基后，减免了河北、河南、山东等曾为战场的省份及其它省份的赋税，以休养生息 。
评价
“靖难之役”是明朝历史上第一场皇帝和藩王之间的内战。这场战争是建文帝朱允炆为了巩固自己的权力、决定削藩而引起的。
“靖难之役”是明朝历史上影响深远的一次政权争夺战，不仅导致了明朝皇位归属的改变，也极大影响了此后二百多年明朝政治、思想的走向。清代大学者、《〈说文解字〉注》的作者段玉裁在《明史十二论》中将“靖难之役”、景泰末年的“夺门之变”以及嘉靖初年的“大礼议”称为影响明朝历史走向的“三大案”。
“靖难之役”以后，开国功臣集团——明朝初年的“太子党”地位急剧下降。南京是开国功臣集团的巢穴，永乐十九年（1421年），朱棣正式把明朝的首都从南京迁往北京，更加削弱了开国功臣的影响力。伴随着开国功臣集团地位的下降，靖难功臣的影响力迅速攀升，英国公张家成了此后明朝政坛的不倒翁，长期处于最高统治集团之列。